A Múzeum és épülete
A Református Kollégium udvarán méltóságteljesen áll a Múzeum épülete, a Berna-sor, megőrizve a 18. század végétől a változó korok ellenére a régmúlt üzenetét. Az egyemeletes épület a Kollégium borainak tárolására szolgáló pincék fölé épült, 1771-1772-ben.
A „Museum Physicum”
A „Museum Physicum” alapjait Simándi István /1675-1710/ tudós professzor rakta le. 1709-ben nyugat-európai tanulmányútjáról értékes fizikai eszközöket hozott haza az iskolának. Simándi volt az, aki elsőként tanított hazánkban kísérletekkel fizikát.
Éremtár
Az Éremtár a fizikai múzeummal egyidős gyűjtemény. A legelső, 1726 tájáról fennmaradt leltárlap „Numismata” rovatában 34 érmet említ. Az éremtár anyagát Vay Béla báró nagyobb ajándéka tette önálló gyűjteménnyé a 19. században.
Természetrajzi Gyűjtemény
A Természetrajzi Gyűjtemény a 18. század végén alakult ki, Szathmári Paksi Pál és Szilágyi Márton tanárok munkássága által. Szathmári Paksi Pál /1730-1766/ orvosdoktor, Sárospatakon matematikát, fizikát, természetrajzot és füvészetet is tanított. A Természetrajzi Gyűjtemény alapjainak megteremtője. Szilágyi Márton /1748-1790/ fejlesztette tovább a gyűjteményt és számos, az oktatást segítő szemléltető eszközt szerzett be.
Régészeti Gyűjtemény
Régészeti Gyűjteményünk anyagának nyilvántartását 1800-tól tudjuk követni. A múzeumi leltárkönyv híradással van arról, hogy a földből urnák, rézből készült régi fegyverdarabok kerültek ki. A régészeti anyagot először a természetrajzi szertár anyagával őrizték együtt.
Szépészeti Műgyűjtemény
A Szépészeti Műgyűjteményt Felméri Lajos /1840-1894/ filozófia tanár alapította 1871-ben, miután hazatért európai tanulmányútjáról. Sokat utazott és tapasztalatait muzeológiai tevékenysége során hasznosította. Gyűjteni kezdte az antik, majd az újabb kori, művészettörténeti – építészeti, szobrászati, festészeti – reprodukciókat.
1930-tól napjainkig
1930-tól a Régiségtár őre Jakob Károly /1890-1951/ lett. Az iskola alapításának 400 éves jubileumára a Nagykönyvtárral és a Levéltárral együtt a múzeumi anyag legszebb darabjait mutatták be. Jakob Károly 1933-ban a fizikai eszközök kiállítását, 1935-ben a Rákóczi emlékkiállítást, és 1948-ban a centenáriumi kiállítást rendezte.
Mai gyűjtemény
A Múzeum teljes állománya 2016. december 31-én 29.010 múzeumi egység volt. Egyházművészeti anyagunk folyamatosan gyarapszik, református gyülekezeteinkből bekerülő klenódiumok, egyházművészeti tárgyak kapcsán. Iskolatörténeti anyagunk gyarapodása szintén folyamatos. Gyarapodásunk adományokból, ajándékozás, hagyaték útján történik, ritka esetben vásárlás által.